案件尾声，鸿上舞衣于义愤杀死黑心医生浦田耕平，被法判了3年徒刑。千千钧因破获该起学园祭杀人事件，警视厅给以b级奖励，虽然这件案事实上是工藤新一破获的。浦田耕平的害人事件也被揭发来，遭到了医学界、大众媒的一致谴责。米综合医院也因此受到围攻，蜷川院长不得不宣布对医院内行整肃。事后，米综合医院赔偿了被浦田害死的病患大笔的补偿金，这件事才算揭过去。

这一天的事情，就稀里糊涂过去了。鉴于新一的欠佳，什么话也只能留在第二天再说。大家也都各自散了，明天还要继续上学。平次与和叶、千寻三人也都连夜发，返回大阪了。千钧送新一回到工藤家后，也带着小雅等人返回了千钧宅。直、晓月跟着井一起回家了。路上，静杨询问千钧，到底新一最近在外面忙什么。千钧只好胡说八，编了一堆瞎话。灰原假扮的柯南，跟着小兰回到利侦探事务所，小兰虽然觉得

新一坐起来，内田麻松了气，“太好了，你终于醒过来了！我们都好担心啊！”小兰，“真是的，你别让人家心好不好？”新一这才发现，那些最熟悉的同学和朋友都在这里，新庄静杨、小雅、武居直、园、泽云灵、井亚希、横野晓月、千千寻、和叶、量等一帮女生，平次、千文良、猿野飞霄、土曾普立、田立彬等一帮男生，全都站在四周，见他醒过来，都兴起来。新一动过后，却觉得非常奇怪，“我没有变小啊！”

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之前，灰原给的第三个选择，就是她参考白成分制造来的aptx4869解药的试验品。但是这个药的副作用还不能确定，没准吃下去就会一命呜呼。灰原笑，“怎么样，要不要试试看，新一？”柯南苦笑，“我就知你在那拿我当实验品，我好像没有别的选择了，对吧？”灰原笑，“没错。如果你希望有一天能重新变回工藤新一的话，迟早要尝试一次。放心，我不会让你那么容易死掉的，你这样的实验品，我可只有一个哦！”

新一突然捂住了，脸难看。千钧大惊，“喂，新一，你怎么了？”新一，“不好意思，对于人为什么要杀人的理由，不别人怎么解释我就是不懂，就算我能够理解，我也无法接受，真是的……”千钧不屑，“你又在发表你的非杀人理论，真是个理想主义者……喂喂，你没事吧？新一！”新一捂着倒了下去，千钧大惊，一把扶住他。新一大叫不好，“糟了，怎么这么快？好不容易恢复原来的样了，我以为一切都在计划之内。”

回到现实，麻和小兰都跑过来，“新一！”“新一这是怎么了？”“你没事吧，新一？看上去很难过……”“要不要去医院？”新一悲摧到了极，“如果在这里变成柯南的话，大家就都知我的份了！可恶，……动不了了……”千钧急忙，“我上带他去医务室！”新一了过去，千钧将其扛起，以极快的速度跑向医务室，“平次，你来理一下善后事宜！”千钧顺便给假扮柯南的的灰原使了个。平次一愣，“什么善后事宜？”继而上明白过来，是让自己想办法遮掩住工藤新一现的秘密。小兰和麻也追上，“新一！”

医务室，千钧悄悄注了一定的生命原力，确保了新一不会有问题。灰原来后，简单看了一下，示意没有大碍，只是药的副作用发作了。不久后，工藤新一睁开睛，“这是什么味，保健室吗？对了，我被千钧带到这里来了。兰和麻的脸怎么这么苍白？也是啊，一个人在前突然缩小……奇怪，我的手……”千钧笑，“新一，你终于醒了啊！再不醒只好送你去医院啦！”