馀人被俘，益宗逃走後被其将缢杀。

这次的失败使黄金家族——忽必烈系的大元政权丧失了在蒙古人中至无上的地位，以至於大多数蒙古落宣布脱离它而自立。1402年，坤帖木儿汗被下鬼力赤杀死，元朝彻底灭亡。

2.蒙古内战

元朝的彻底灭亡，使明朝失去了政治上的最劲、最主要敌人，蒙古已经成为了“边患”，而不再是前一中央王朝的残馀势力。因此，明成祖对於鬼力赤表示友好，承认他对於蒙古各的主权，但是鬼力赤的亲明态度却引起了蒙古各的不满。1408年，其被知院阿鲁台杀死。随後，其拥立益宗之孙本雅失里为汗，与明朝绝。但是阿鲁台只控制著东蒙古（鞑靼），西蒙古（瓦剌）却被其大的对手哈木等人控制。

1410年，明成祖亲征，大败本雅失里於兀儿古扎，自此其西逃与阿鲁台分。次年，哈木趁本雅失里衰弱将其消灭，立宗室答里（诈称本雅失里弟）为汗，阿鲁台亦立宗室阿岱为汗。1415年，明成祖再次亲征，大败瓦剌。明军撤退後，阿鲁台趁机袭击，哈木、答里战死。而後，哈木脱拥立额库为汗。但是在1425年额库死後，瓦剌发生了内。阿岱趁机将其打败，成为了全蒙古的大汗。

3.瓦剌的统治

被打败後的瓦剌在脱的领导下逐渐振兴。1433年，脱统一瓦剌各，立宗室脱脱不为汗。1434至1438年间，其率军攻蒙古东，杀死了帝国大汗阿岱和他的重要辅臣阿鲁台，统一了蒙古。虽然，黄金家族的脱脱不成为了全蒙古的大汗，但在事实上，蒙古帝国已经从黄金家族转到了瓦剌的绰罗斯家族手中。

对於明朝来说，成吉思汗的黄金家族完结了，草原的这些新君主是一支没有显赫历史的民族，他们在蒙古帝国的历史上既不显赫也不重要，他们不可能如黄金家族那样有号召力。那麼，北移的元朝剩馀势力对於南的明朝反击就应该自此结束了。

但是，瓦剌人并没有忘记他们拥有的是蒙古帝国的最权力。当然，在明朝还很大的时候，瓦剌人是不敢随便捋虎须的。因此，恢复帝国的第一刀他们向东南地区的察合台汗国砍去。脱的儿也先击败了察合台汗国的卫思汗，娶了他的妹妹哈尼木公主，因为卫思汗是黄金家族，这次政治联姻，使得瓦剌人认为自己有了号召所有蒙古人的血统。1453年，也先杀死了蒙古大汗，篡夺了汗位。黄金家族的统治真正中断。

当初也先继承其父脱的位时，蒙古帝国的疆域从尔喀什湖延伸到贝加尔湖，又从贝加尔湖延伸到长城附近地区，象徵正统的首都哈拉和林也是帝国的领土之一。1449年，他向明朝公主求婚遭到悔婚，於是，也先袭击了大同附近的明边境。明英宗亲临征战。在土木堡展开战斗。明英宗被俘。但大同和宣化的顽抵抗，也先无法，只得带著俘虏英宗皇帝返回蒙古。

三个月以後，他卷土重来，军至北京西北郊，但是，他遇到明将于谦的抵抗，发动的多次攻都被打退，不久明朝的各路援军赶来。他沿居庸关败退。1450年，也先决定释放英宗，并於1453年与明朝议和，宣布其是明朝的属臣，这一行动表明他抛弃了蒙古帝国的宗主权，仅仅看是一个独立的可汗，原本已经臣服於他的各黄金家族的落和汗国又重新自立。

1454年，也先被暗杀。瓦剌不久了内，再也没有恢复以前的辉煌。

4.黄金家族的复辟

也先死後，瓦剌发生内讧。蒙古宗室里孩驱逐瓦剌西迁，拥立脱脱不儿可儿吉思为汗，黄金家族重新恢复统治。但是，这并没有带来往日的辉煌，接踵而来的是不断的内讧。直到1465年，成吉思汗的第27代继承人满都古勒大汗打败了弑君者，才结束了内。他在位期间，化汗权，为蒙古中兴奠定了基础。1469年，其在讨伐他的侄孙和继承人博勒呼济农的一次战争中去世。而博勒呼济农在他能够称汗之前的1470年也被暗杀。一度人丁兴旺的黄金家族中，可怜地仅剩下一个5岁的男孩、博勒呼济农之达延。达延的命运及其不幸，家族的长辈都在内讧中死去，小小的孩孤苦无依，连他的母亲都抛下他改嫁了，这简直比成吉思汗年幼时的遭遇还要悲凉。所幸，满都古勒汗的年轻遗孀满都海赛音可敦把他置於自己的保护之下。满都海赛音可敦是一个很了不起的女人，她不但抚养了达延，还在1470年宣布他为大汗。後来满都海赛音可教率领军队打败了瓦剌人，将他们彻底赶了蒙古原中东地区。为达延汗日後的统治奠定了基础。

达延汗是蒙古帝国统治时间最长的大汗，从1470年到1517年整整47年。在1481年亲政之後，达延汗镇压了右翼土默特人、兀良哈人（又称朵颜三卫）的叛。并从1497年到1505年间，他对从辽东到甘肃的明北地区行了攻击，使得明无法与卫拉特人联系。