袁可以失信于唐，唐却不可失信于顺直议会和同盟会，因此唐表示无法接受袁的改变。6月15日袁把没有经唐内阁副署的“任命王芝祥为南方军宣使”的命令公布，这显示总统与内阁已经正面开火。据《临时约法》，没有内阁副署的人事命令是不生效的。唐绍仪对于袁不经内阁总理副署而发表人事命令到非常痛苦，同时又使他失信于顺直议会，人无信不立，何况他是内阁总理。这天他乘坐车由办公室回家，忽然迎面来了两个开的士兵，手中挥舞着鞭，唐总理的御者几乎挨了他们一鞭。唐急忙吩咐把车让到路旁，注意一看，一辆漂亮的车里，坐的不是别人，正是总统府拱卫军统领段芝贵。待到这辆车过去了，总理的车才缓缓前驶，他事后对人说：“好大的威风，只有前清摄政王才够得上这样威风呢。”由于双重的刺激，使他顿萌退意。6月15日他悄悄留下一张假单，“国务总理唐绍仪为呈请事：绍仪现因受风，牵动旧疾，恳请给假五日，赴津调治。惟总理职务关系重要，不容一日旷废，并乞大总统于国务员中简派一员暂行代理。”然后乘了一辆人力车至火车站，搭等火车赴天津。

唐走后，北洋系的人们拊掌称快，认为去了中之钉。袁世凯接到唐的请假条，对于唐的不辞而别，心中亦颇不舒服，但究竟袁、唐两人共事友数十年，不能太贸然决裂，所以仍派秘书长梁士诒专程前往天津留。唐绍仪和梁士诒两人私本笃，而且意气相投，梁来津晤唐后，除传递袁意外，复谈及袁、唐两人的谊。唐、梁抵足通宵，唐把自朝鲜和袁订经过，两人在北洋共事凡20余年，娓娓向梁详述，至于为何演变到如此地步，唐曾慨地说：“我和项城的谊，君最知，公谊私情我本不该挂冠，甚至不辞而别。可是观察今天国家局势，求统一中国，非项城不可，求治理中国，则非项城诚心和革命党合作不可。三个月来，我首当冲要，理这个问题，仔细来看，觉得项城和革命党的合作，中间阻碍甚多，此君必有同。既然我的理想无法达到，则不如早作退路，免得将来焦烂额。因此，我与项城今日的分手，是公义。”唐言下不胜唏嘘。

第二天一早，梁士诒返北京复命。接着唐的辞呈亦送达。袁知唐意已不可挽回，遂由总统发布准许唐辞职的命令。唐于民国元年3月13日由袁世凯任为国务总理，至6月28日辞职获准，前后不过一百零几天。这是中华民国的第一届内阁，竟如此短命。显示民国初年的中国政治特是多难的。

唐绍仪在天津小住数日，即乘赴上海，以远离北方是非之地。他上船后遇见了一个神气十足的汉，大声地斥骂他不该弃职逃走，越说越生气，后来竟拿盒炮来，像是要施放的样。唐得丈二金刚摸不着脑，以为是袁的特务来追踪他，因唐早知袁有特务组织会杀人，于是便陪着笑脸解释自己不能不辞职的苦衷。这汉才回嗔作喜，和他拉手，并且说自己的来历。原来他不是袁的特务，而是一个相当名，自称“游侠”，可是举动冒失的荒唐鬼——黄桢祥。

唐绍仪的辞职，显了《临时约法》已被破坏，因为总统不经内阁总理副署而发布人事命令，是违反《约法》的。可是当时大家都不在《约法》上争论，而在人事上争论，这当然是因为对于法治和民主还不熟练的缘故。

当唐宣布辞职后，造成了一连串的纠纷，这些纠纷可以从当时往来的文件中看。

唐绍仪的辞呈：“为病难速痊，呈请解职医治事。窃绍仪因病请假，赴津就医，荷蒙大总统允准在案。连日延医诊视，旧病转剧。回思去年迭遭家难，闭养疴，乃已无志于宦途，自分沉埋而没世。嗣奉派充议和代表，痛时局之阽危，哀民生之析，不敢自逸，力疾驰驱。数月之间，寝失常，忧劳过甚，力愈惫，犹幸战祸已息，国事聿新，冀可葆素休神，从容调摄。讵意百废待举之余，忽受总揽政纲之命，自揣病躯，敢膺重寄，徒以南北初合，政府未成，勉竭愚庸，罔辞劳怨。视事以来，夜不成寐，日必发寒，竭蹶以从，未敢言疾。然而蒲柳之质，非可御疾风，驽骀之材，不足致千里，驰至今日，惧膏肓之渐，捐踵而何裨？惟有恳请大总统俯鉴愚忱，准免国务总理本官，迅简贤能接任，以维大局，俾获乞灵药石，退清闲，冀得痼疾之稍疗，长享共和之幸福。”